1999年7月，神秘超大型流星坠落地球。这个突然飞来的物体是全长达1200米的巨大宇宙战舰，从这以后，人类知道了在地球以外，有智慧生命体存在。地球联合政府派人对这艘战舰进行研究改造后，这艘巨大的宇宙战舰成为了联合政府的一艘新战舰，并将其命名为“超时空号”。
2009年，第一次宇宙大战爆发。
在超时空号起航典礼当日，主炮系统突然开动，并击毁了从距地球十光年外探测到超时空号，以超时空航法追来的杰特拉帝军队的部分战舰。地球军队和杰特拉帝军队的战斗就此拉开序幕。超时空号原来是异星人撤退时留下的陷阱。战斗越来越激烈，为了将敌人的注意力从地球引开，超时空号舰长古力华决定用超时空航法将超时空号移动到月球背面，但是，到达的地点竟然是冥王星轨道！漫长而痛苦的回归地球的旅程，在激烈的战斗中开始了。在这期间，超时空号上的飞行员一条辉及指挥官早濑未沙中了敌人的陷阱而被俘。
